„Campus Speciosus“ Schönes Feld – diese Bezeichnung hat der Ort nahe der Lechmündung in die Donau 1241 als Graf Berthold III von Lechsgründ mit Bewilligung des Augsburger Bischofs Siboto anfing, auf eigenem Grund ein Kloster zu bauen.
Da ein 30 Jahr vorher gegründetes Frauenkloster denselben Namen trug, wurde der Name ergänzt auf „Niederes Schönen Feld“ heute „Niederschönenfeld“. Die Zisterziensergenossenschaft aus Burgheim verließ schon nach wenigen Jahren ihr erstes Kloster um in Niederschönenfeld sesshaft zu werden. Dem neugegründeten Kloster gelang es schon Mitte des 14. Jahrhunderts ausgedehnte Grundbesitz in der Nähe und viele Güter, Gefalle und Rechte zu erwerben und galt bis zu seiner Auflösung als eines der reichsten und angesehendsten Klöstern Bayerns. Im 16. Jahrhundert folgt unter anderem die Reformation (1517) der anschließende Bauernkrieg, der Schmalkaldische Krieg (1546) und schließlich der 30 jährige Krieg.
Bis 1632, knapp 14 Jahr lang, blieb man von den unmittelbaren Kriegseinwirkungen verschont. Am 14. und 15. April 1632 kam es zur Schlacht in Rain. Dem Schwedenkönig gelang an zwei Stellen der Übergang über den Lech. Das Kloster Niederschönenfeld wurde ausgeplündert, niedergebrannt und zerstört. Im Jahr 1635 wurde mit dem Wiederaufbau begonnen, welche 1645 erneut die Schweden und Franzosen, die über den Lech kamen und viele Landstriche in Bayern verwüstet wurde. Es gab in Niederschönenfeld „nicht eine Stelle, die menschliches Wesen zum Aufenthalt hätte dienen können. Dafür hauste in den Ruinen Wölfe und anderes Wild“.
Im Jahre 1650 kehrten 30 Konventalinnen bereits zurück um wiederum mit dem Aufbau zu beginnen. Am 14. Mai 1657 wählte der Konvent die Priorin Euphemia Vatig von Kronburg zur 27. Äbtissin – die bis 1702 dem Konvent vorstand. Beim Inventar wurden damals 30 Gulden Bargeld verzeichnet. Von 1659 bis 1662 wurde die Klosterkirche und die Heilig-Kreuz-Kapelle errichtet und feierlich eingeweiht. Bis 1674 waren die Kloster-Hauptgebäude erstellt. Beim Kurfürst Ferdinand Maria und seiner Gemahlin Adelheid bat das Kloster in den folgenden Jahren immer wieder um Gelder.
Von dem damals sehr bekannten Orgelbauer Paul Prescher wurde 1683 wurde die Orgel in Niederschönenfeld aus Nördlingen fertiggestellt.(Näheres siehe Klosterorgel.
Im spanischen Erbfolgekrieg zahlte das Kloster im Jahr 1704 an die englische und österreichische Armee 10.000 Gulden um der Brandschatzung zu entgehen. Im Jahr 1749 trat der Lech dermaßen heftig über die Ufer, dass die beiden Türme einzustürzen drohten. Am 25. August 1796 kamen die Franzosen über den Lech und wollten das Kloster stürmen. Die Abtissin mit Ihren Amtsfrauen gingen Ihnen entgegen und konnten durch ihre Bitten die drohende Gefahr abwenden.
Am 18. März 1803 wurde die Äbtissin Juliane von Wildenau mitgeteilt, dass auf Befehl der Bay. Kurfürsten das Kloster aufzuheben ist. Im Jahre 1814 sollte sogar die Kirche abgerissen werden, um Baumaterial für eine Brücke bei Rain zu erhalten. Nur eine dringende Eingabe des Restkonvents beim Königlichen Hof verhinderte das Äußerste.
Die Kath. Kirchengemeinde Niederschönenfeld kaufte 1832 die Kirche dem Bayerischen Staat ab.
König Ludwig I plante im Jahre 1842 wieder ein Ziszerzienserinnenkloster einzurichten. Dies scheiterte an finanziellen Mitteln aber auch an fehlenden Nonnen und Novizen.
Im Jahre 1849 sollte das Kloster zu einem Gefängnis für politische Verbrecher umgebaut werden, welches baldzeit durch ein Anmestiegesetz verhindert wurde. Der Bau wurde daraufhin eingestellt. Im Jahre 1862 erhielten die Wohnungen dann doch noch Ihre Insassen als Staatserziehungsanstalt bis 1879, bevor Sie ab 01. Januar 1880 in eine Gefangenenanstalt für jugendliche männliche Strafgefangene umgebildet wurde.