Die von Paul Prescher 1683 (frühe Barockzeit) erbaute Orgel stellt im Bereich der bayerischen Orgellandschaft eine Einzigartigkeit dar.

Die Besonderheit ist, dass das Orgelgehäuse auch rückseitig einen prächtig ausgebildeten Schauprospekt aufweist, wie nach vorne zum Kirchenschiff.

Diese prächtige Prospektarchitektur mit reichen Knorpelwerkschnitzereien ist ein Äquivalent zu der prachtvollen Hochaltararchitektur im Ostschluss der Kirche.

Dieser „Luxus“ des rückseitigen Prospektes ist nur dann verständlich, wenn man weiß, dass früher die Zisterzienser-Nonnen sich oben auf der Orgelempore zu Andachten und Feierstunden versammelten. Die Orgel begleitet dann Ihren Gesang. Sicherlich wurde damals das zart klingende Holzpfeifenregister „Gedackt“ oder das etwas kräftigere „Viola“ bevorzugt benutzt.

Die kulturelle Entwicklung an den Mündungsbereichen der Flüsse wurde durch eine rege Bautätigkeit und das künstlerische Streben der repräsentationsfreudigen Klöster und Stifte geprägt, die im Barock und Rokoko Glanzlichter des süddeutschen Kirchenbaues setzten.

In den weiten ländlichen Gebieten Schwabens sind in all den schönen großen und kleinen Kirchen nur bescheidene Zeugnisse der damaligen Orgelbaukunst anzutreffen; dass sich vor allem nur wenige Denkmalorgeln oder historische Prospekte aus der „Blütezeit der Orgeln“ erhalten haben.

Zudem waren zweimanualige Orgeln auf die Kloster- und Stadtpfarrkirchen beschränkt. Deren Orgelgeschichte spiegelt zumeist eine reiche kunsthandwerkliche Vergangenheit wieder, durch die auch das allgemein bekannte Bild der Orgellandschaft Schwabens geprägt ist.

Die wichtigsten Denkmalorgeln mit altem Spiel- und Pfeifenwerk, die sich international sehen und hören lassen können, befinden sich daher nur noch in ehemaligen Klosterkirchen (Irsee, Kaisheim, Maihingen, Niederschönenfeld, Ottobeuren und Ursberg), die man nach der Sekularisation 1803 vermutlich wegen chronischem Geldmangel nicht angetastet hat.

Deshalb sind an der Niederschönenfelder Orgel auch noch viele „originalen Bauteile“ an dem historischen Orgelgehäuse und den Pfeifen vorhanden.

Im Jahr 1832 kaufte die katholische Kirchengemeinde Niederschönenfeld die Kirche mitsamt der Orgel dem damaligen Königreich ab und ist heute noch in deren Besitz.

Orgelwerk

Der 5-teilige Prospekt der Orgel ist geprägt von den sehr charakteristischen Merkmalen des Erbauers (Prescher). Die Spiegelpfeifen zwischen den Türmen. Das Schnitzwerk ist gut gearbeitetes Knorpelwerk, Putten beleben die Gesimse, Engelsköpfe verzieren die Flächen.

Die dem Nonnenchor zugewandte Rückseite bildet den zweiten Prospekt aus. Hier allerdings mit aus Holz gedrechselten und versilberten Blindpfeifen.

Das Hauptwerk befindet sich auf der Höhe des Kranzgesimses und enthält zusammen mit den jeweils zwei hängenden Pfeifenfeldern vorder- und rückseitig je sieben Pfeifenfelder.

Am Untergehäuse sind 3 Ölgemälde angebracht, die sich harmonisch in das Gesamtbild einfügen. In der Mitte befindet sich die Hl. Cäcilia, rechts König David mit der Harfe und links ein bisher als „männlicher Heiliger mit Blasinstrument“ betiteltes Werk, von dem man jetzt weiß, das es „Jubal mit der Flöte“ ist.

Jubal mit Flöte	Hl. Cäcilia	König David

Der Orgelbauer, Paul Prescher (1628 bis 1695) er stammt aus Zittau in Schlesien und erhielt 1659 das Bürgerrecht in Nördlingen. Er baute in Nordschwaben und Franken zahlreiche Orgelwerke, von denen alle bis auf zwei untergingen. (Die Chororgel von Mönchsdeggingen ist um zehn Jahr jünger). Sein Sohn Nikolaus baute dreißig Jahre später die Orgel in der Anstaltskirche von Niederschönenfeld.

Die historische Orgel wurde in den Jahren 1860 und 1917 immer wieder notdürftig zusammengeflickt und wurde 1960 von den Gebrüdern Sandtner, Steinheim teilrestauriert, wobei neue Register und technische Einrichtungen dazukamen. Dabei wurde der Rückprospekt fast vollständig zugebaut.

Nach nunmehr 52 Jahren ist der Zustand der Orgel sehr schlecht. Sie weist eine Reihe technischer Störungen auf, die sich auch auf das Klangbild niederschlagen. Weiterhin ist das Instrument stark verschmutzt und vom Holzwurm befallen. Die alten historischen Pfeifen des Hauptwerkes sind ziemlich „verhauen“ und teilweise eingerissen.

Das Amt für Denkmalpflege sowie ein Orgelsachverständiger der Diözese Augsburg haben dies bereits persönlich begutachtet.

Die Orgel sollte von Grund auf saniert, vom Holzwurm befreit und von Ihrem derzeitigen Standort ca. 1,20 m nach hinten verschoben werden und die rückseitig aufgestellten Register ebenfalls neue Standorte erhalten. (siehe Renovierungen).